RNA-seq 技术流程：从建库到测序

简介

RNA-seq 是最高效，主流的转录组数据产生方法，如同其名字，就是对 RNA 进行测序。本文档以 Illumina 测序为例，简述从建库开始的双端测序技术流程。

1. RNA 文库建立

1. 取经过处理的样本，提取总 RNA
2. 使用带有含有 oligo T 的磁珠捕获 mRNA 的 poly A 尾
   1. 这一步可以消除 rRNA，ncRNA 等因素的影响
3. 将捕获的 mRNA 反转录为 cDNA
   1. 这里使用的反转录引物是随机六聚体。这使得反转录可以从 RNA 的任一部位开始，抵抗轻微的样品降解问题
4. 将 cDNA 破碎为 150 bp 左右的片段
   1. 这一步保证了读长适宜，可以被仪器完全测通
5. 加上测序接头
   1. 由于是双端测序，cDNA 两端的接头不一样

2. 测序

1. 测序的流程和Illumina 基本一致。由于片段两端连接了不同的接头，测序可以从两端进行，产生两段数据