根据过氧化物酶体蛋白分选信号的不同，可以分为以下两种途径，相当重要的差别在于靶向序列是否切除
PTS1 介导的分选
Step 1
Pex5 受体识别 C 端的 PTS1 序列
Step 2
Pex5 受体被 Pex14 受体识别，并由此介导蛋白向过氧化物酶体内的转运
Step 3
进入过氧化物酶体的蛋白上的PST1序列不被切除
PTS2 介导的分选
Step 1
Pex7 受体识别 N 端的 PTS2 序列
Step 2
Pex7p-货物蛋白复合物与辅助受体（如Pex5pL）结合，形成更大的复合物，并由此介导蛋白向过氧化物酶体内的转运
Step 3
进入过氧化物酶体的蛋白上的PTS2序列被切除