GO富集分析-结果解读

简介

在 GO 和 KEGG 富集分析中，有 4 个评价富集程度的重要结果：

1. GeneRatio
2. BgRatio
3. RichFactor
4. FoldEnrichment

这 4 个因素共同描述了差异表达基因集中，不同功能基因的富集程度。为了理解这四个结果，定义如下 4 个参数：

• $k$：差异基因集中，属于某个 GO term 的基因数量，即 counts
• $n$：差异基因集中，总共有注释到 GO 数据库的基因总数
• $M$：所有基因中，属于某个 GO term 的基因数量
• $N$：背景基因中，总共有注释到 GO 数据库的基因总数

1. GeneRatio：前景比

反映了差异基因中，有多少比例落在某个特定功能里

$GeneRatio=\frac{k}{n}$

说明差异基因中，某功能的富集程度。

2. BgRatio：背景比

反映了基因组中，有多少比例落在某个特定功能里

$BgRatio=\frac{M}{N}$

这个值是用来做统计检验的基准，反应了基因组中该功能的富集程度。如果 GeneRatio 显著高于 BgRatio，则富集显著。

3. RichFactor：富集因子

RichFactor 综合了上述两个比例，是一个反映富集强度的直观指标。

$RichFactor=\frac{k}{M}$

反映了差异基因中某 term 基因数占基因组中某 term 基因数。在 0-1 中取值。

4. FoldEnrichment：富集比

FoldEnrichment 是富集强度的直观指标，说明了某 term 差异基因的富集度比基因组中的富集度高了多少倍。

$FoldEnrichment=\frac{GeneRatio}{BgRatio}=\frac{k/n}{M/N}$

若 >1，则可以说明该功能出现了过表达；若 <1，则说明该功能受到抑制