awk的split()函数

简介

基因组注释文件(gff3) 中，第 9列是以 ; 分隔的键值对，这类键值对需要使用 split() 函数进行拆分来提取

实例

某 gff3 的第 9 列如下，现提取 biotype 对应的内容

ID=transcript:AT1G01010.1;Parent=gene:AT1G01010;Name=NAC001-201;biotype=protein_coding;tag=Ensembl_canonical;transcript_id=AT1G01010.1

awk 脚本如下

BEGIN {
	FS = "\t"
	OFS = "\t"
}
{
	split($9, dv_pairs, ";") # 以分号分割第9列，分隔产生数据存储进入dv_pairs数组中
	split(dv_pairs[4, biotype_pairs, "="]) # 以等号分割biotype=protein_coding，分隔产生数据存储进入biotype_pairs数组中
	print biotype[2] # 数组中第二位是biotype指向的内容
}

命令

zcat file.gff3 | awk -f script.awk